2000년~

2021. 5. 20

• 특화작목시험장 곤충종자보급센터를 곤충종자산업연구소,
  포도연구소를 포도다래연구소, 마늘연구소를 마늘양파연구소,
  수박연구소를 수박딸기연구소, 대추연구소를 대추호두연구소로
  명칭변경(충청북도 조례 제 4263호)

2018. 10. 01

• 곤충종자보급센터 설립(충청북도 조례 제3922호)

2016. 05. 24

• 연구개발부를 연구개발국으로, 기술지원부를 기술지원국으로 승격(충청북도조례 제3915호)
• 유기농업연구소 설립(충청북도조례 제3915호)

2015. 01. 01

• 농업기술원 잠사시험장을 농산사업소 양잠보급과로 개편(충청북도조례 제3731호)

2014. 02. 07

• 와인연구소 설립 인가(충청북도조례 제3629호)

2011. 03. 25

• 연구개발부에 작물연구과, 원예연구과, 친환경연구과로 명칭변경(충청북도 조례 제3343호)

2011. 01. 01

• 대추연구소 설립 인가(충청북도 조례 제3322호)

2009. 05. 08

• 채소연구소를 수박연구소로 명칭변경(충청북도조례 3166호)

2008. 07. 01

• 시험연구부에 식량자원연구과, 원예생명연구과 및 친환경농업연구과로 명칭변경
• 기술지원부에 지원기획과, 기술보급과 및 농촌자원과로 명칭변경
• 시설농업연구소를 채소연구소로 명칭 변경

2006. 12. 22

• 농업기술원 과 및 시험장 명칭 변경
  총무과 → 행정지원과, 옥천포도시험장 → 포도연구소
• 단양마늘시험장 → 마늘연구소, 음성시설농업시험장 → 시설농업연구소, 잠사균이시험장 → 잠사시험장
  (충청북도 조례 제 2965호, 충청북도 훈령 제 1224호)

1990~

1998. 09. 11

• 충청북도농업기술원으로 개칭, 시험국 경영과 및 제천출장소 폐지 2부, 6과, 5시험장 (잠사균이시험장 편입)으로 개편 (충청북도 조례 제 2407호, 충청북도 규칙 제 2277호)

1997. 12. 02

• 농촌진흥원 청원군 오창면 괴정리로 이전

1997. 04. 03

• 음성시설채소(특화작목)시험장 준공

1996. 02. 13

• 농산물원종장 진흥원 편입(충청북도 규칙 제2148호)

1995. 04. 07

• 음성시설채소(특화작목)시험장 설치(충청북도 규칙 제2098호)

1994. 12. 09

• 단양마늘(특화작목)시험장 준공

1993. 12. 11

• 옥천시설포도(특화작목)시험장 준공

1992. 02

• 옥천시설포도(특화작목)시험장 설치 (충청북도 규칙 제1831호)

1992. 01

• 시험국에 1개 과(경영과) 증설및 특화작목시험장 1개소 신설 (대통령령 제13576호)
• 경영과, 작물과, 원예과, 식물환경과

1991. 01

• 시험국에 2개 계(농산물이용, 경영기획) 증설

1980~

1987. 09

• 시험국에 1개 과(경제작물과) 증설 (대통령령 제12243호)

1985. 08

• 제천출장소 개소

1985. 07

• 중원출장소 폐소

1900~1980

1972. 11

• 원예시험장 중부출장소를 인수하여 중원출장소로 명명(농링부령 제514호)

1970. 03

• 시험국에 작물과, 식물환경과 신설

1962. 03

• 충청북도농촌진흥원으로 개칭(법률 제1247호)

1957. 05

• 충청북도농사원으로 개칭(법률 제1039호)

1953. 03

• 충청북도농사원 설치조례 공포

1949. 01

• 충청북도농사기술원으로 개칭(대통령령 제45호)

1945. 08

• 충청북도농사기술원으로 개칭(대통령령 제45호)국립 농사시험장 청주지장으로 개칭

1944. 05

• 조선총독부농사시험장 이리지장 청주분장으로 개칭

1937. 01

• 청주시 복대동으로 이전

1935. 03

• 제천 시험지 설치

1923. 10

• 충청북도 농사시험장으로 개칭

1912. 05

• 충청북도 종묘장으로 개칭

1909. 05

• 충청북도 모범농장으로 창립